Na stacji kosmicznej Oberon przeprowadza się eksperymenty genetyczne na małpach naczelnych, a potem uczy np. sterować pojazdami kosmicznymi. Leo Davidson uczy tego swoją małpkę - szympansa Peryklesa. Jednakże pewnego dnia jakaś burza energetyczna zbliża się do stacji. Perykles zostaje wysłany w misję by zbadać tajemnicze zjawisko. Kiedy jednak nie wraca, Leo postanawia wyruszyć go poszukać. Wkrótce okazuje się, że tajemnicze zjawisko pozwoliło mu przenieść się na inną planetę, na której rządzą małpy człekokształtne, a ludzie są traktowani jak niewolnicy. Jednak niektóre małpy doceniają umiejętności ludzi i chciałyby ich osowbodzenia. Jedną z nich jest Ari. Leo, który przede wszystkim chce wrócić do domu, musi także podjąć walkę z tradycyjnie wrogo nastawionymi do ludzi małpami, walkę która może zmienić ten świat ...

W 2029 roku młody pilot Leo Davidson (Mark Wahlberg) wyrusza w podróż swym statkiem kosmicznym. Awaria zmusza go do zmiany kursu, więc ląduje na nieznanej planecie. Szybko jednak orientuje się, że rządzą na niej małpy, które traktują ludzi jak niewolników. Generał Thade (Tim Roth) i jego zastępca kapitan Attar (Michael Clarke-Duncan) wykorzystują ludzi do swoich wypraw rabunkowych lub po prostu brutalnie zabijają. Thade postanowił sobie jeden cel - zniszczyć rasę ludzką! Tych, którzy jeszcze istnieją, traktuje jak zwierzęta domowe. Nic więc dziwnego, że gdy tylko Leo znalazł się na planecie, od razu został aresztowany i osadzony w więzieniu z innymi ludźmi. Poznał tam Deanę (Estella Warren) i jej ojca Karubi (Kris Kristofferson), który jest przywódcą ludzi. Waleczna Deana i mała grupa rebeliantów chcą przywrócić człowiekowi jego dawna pozycję. W tym celu muszą dostać się do świątyni małpiego bóstwa Semosa, gdzie ukryta jest tajemnica rodzaju ludzkiego i klucze do jego przyszłości. Leo postanawia wyruszyć z Deaną. W ucieczce z dobrze strzeżonego więzienia pomaga im Ari (Helena Bonham Carter) - wykształcona szympansica, która wierzy w to, że gatunki mogą współistnieć, żyjąc w zgodzie.

Jest rok 2029. Podczas międzygalaktycznej misji jeden ze statków, traci kontakt z macierzystą stacją kosmiczną OBERON i znika z radarów. W czasie poszukiwań inny statek pilotowany przez kapitana Leo Davidsona (Mark Wahlberg) wpada w pętlę czasu i rozbija się na porośniętej dżunglą planecie trochę przypominającej Ziemię... Trochę, bowiem rządzą nią inteligentne małpy, ludzie zaś zostali sprowadzeni do roli niewolników. Schwytany przez małpy Leo ucieka dzięki pomocy Ari (Helena Bonham Carter) i wraz z grupą ludzi i zbuntowanych małp, niezadowolonych z rządów despotycznego Thada (Tim Roth) dąży do nawiązania kontaktu ze stacją OBERON aby jak najszybciej wrócić do domu. W czasie podróży zmienia jednak zdanie, poznaje lepiej swoich przewodników i dokonuje niezwykłego odkrycia. Teraz, uzbrojony w nowe informacje Leo staje na czele rebelii przeciwko przeważającym siłom małp, która może mieć tylko jedno zakończenie - wolność, lub całkowite unicestwienie rodzaju ludzkiego.